Abstract

CASTANEDA-RICO, Susette; EDWARDS, Cody W.; HAWKINS, Melissa T. R.  and  MALDONADO, Jesús E.. An 1896 specimen helps clarify the phylogenetic placement of the Mexican endemic Hooper’s deer mouse. Therya [online]. 2023, vol.14, n.1, pp.181-195.  Epub July 31, 2023. ISSN 2007-3364.  https://doi.org/10.12933/therya-23-2243.

El ratón de Hooper Peromyscus hooperi, es el único miembro del grupo de especies que lleva su mismo nombre. Es una especie endémica de México que se encuentra restringida a las zonas de transición de pastizales en los estados de Coahuila, Zacatecas y San Luis Potosí. Estudios previos en los que se han analizado genes mitocondriales y nucleares (Cytb, Adh1-I2, Fgb-I7 y Rbp3) no han podido resolver las relaciones filogenéticas de esta especie poco conocida. Sin embargo, se ha sugerido que P. hooperi podría ser la especie hermana de P. crinitus, y estar cercanamente relacionada con P. melanotis, P. polionotus, P. maniculatus, P. keeni, P. leucopus, P. gossypinus, P. eremicus, P. californicus y Osgoodomys banderanus. Con base en datos morfológicos, cariotipos y aloenzimas, no se ha podido determinar si esta especie se encuentra más estrechamente relacionada con el subgénero Haplomylomys o Peromyscus. Sin embargo, las características únicas de P. hooperi (e. g., falo, cariotipo) han sido reconocidas, por lo que se ha mantenido en su propio grupo de especies. Con el objetivo de proveer nueva evidencia sobre la posición filogenética de P. hooperi, utilizamos el método de captura por hibridación y secuenciación masiva para obtener miles de elementos ultraconservados y el genoma mitocondrial de un ejemplar colectado en 1896 por Nelson y Goldman en Coahuila, México. Además, analizamos datos genómicos de 21 especies de neotominos. Contrario a estudios previos, encontramos altos valores de soporte en el nodo que posiciona a P. hooperi como la especie hermana del clado que incluye a Podomys floridanus, Neotomodon alstoni, Habromys simulatus, H. ixtlani, Peromyscus mexicanus, P. megalops, P. melanophrys, P. perfulvus, P. aztecus, P. attwateri, P. pectoralis y P. boylii. Datamos la divergencia de P. hooperi de su grupo hermano hace aproximadamente 3.98 millones de años, después de la divergencia de P. crinitus y de otros peromiscinos hace aproximadamente 4.31 millones de años, ambos eventos durante el Plioceno. Nuestro estudio es un claro ejemplo de que analizar datos a nivel del genoma mejoran la señal filogenética, independientemente del número de taxones, para especies cuyas relaciones filogenéticas son conflictivas o se encuentran poco resueltas como en el caso de P. hooperi. Sin embargo, recomendamos que futuros estudios genómicos incluyan un muestreo taxonómico más amplio, sobre todo de miembros del subgénero Haplomylomys, para confirmar las relaciones filogenéticas de P. hooperi y el estatus genético de sus poblaciones.

Keywords : Historical DNA; genomics; mitogenomes; museum specimens; Peromyscus, Pliocene-Pleistocene; ultraconserved elements.

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