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Journal of the Mexican Chemical Society

Print version ISSN 1870-249X

Abstract

CASTRO-CERRITOS, Karla Viridiana et al. Microwave Assisted DNA Hydrolysis for Global Methylation Analysis by Gas Chromatography/Tandem Mass Spectrometry. J. Mex. Chem. Soc [online]. 2018, vol.62, n.2, pp.226-235. ISSN 1870-249X.  http://dx.doi.org/10.29356/jmcs.v62i2.398.

El análisis de la metilación global de ADN, calculado como el porcentaje de 5-metilcitosina (5mC) respecto a la suma total de citosinas, es un biomarcador bien establecido para el monitoreo a gran escala de eventos epigenéticos de organismos. La purificación, hidrólisis, separación y detección del ADN son etapas críticas para determinar este biomarcador. En el presente trabajo es propuesto un procedimiento robusto para la hidrólisis ácida de ADN asistida por microondas la cual provee patrones de metilación de ADN idénticos a los de la hidrólisis enzimática y una mejor liberación de 5mC respecto a la metodología ácida clásica. La cuantificación se realizó utilizando un cromatógrafo de gases acoplado a un espectrómetro de masas con un analizador de masas de tipo triple cuadrupolo (GC-TQ-MS/MS) usando el modo de monitoreo de reacciones múltiples (MRM) para los derivados de trimetilsililo de las nucleobases, con las transiciones 254→238, 240→170 y 254→238, 254→184 (m/z) para C y 5mC respectivamente, se obtuvo un límite de detección de 0.46 fmol para C y 0.41 fmol para 5mC. El procedimiento propuesto es capaz de determinar 0.004% de 5mC en 50ng de ADN en un tiempo de cromatografía de 10 minutos, siendo una buena alternativa al análisis por LC-MS/MS.

Keywords : metilación del ADN; hidrólisis asistida por microondas; nucleobases; derivatización; cromatografía de gases/espectrometría de masas en tándem; monitoreo de reacciones múltiples.

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