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Los métodos actualmente disponibles para el análisis de compuestos hidrofílicos son, en general, largos, tediosos y poco eficientes. Los líquidos iónicos (LIs), son sales con puntos de fusión bajos, considerados como disolventes de diseño. Cuando los LIs se emplean en la extracción de compuestos hidrofílicos, el análisis por cromatografía líquida puede convertirse en un reto, por problemas de coelución y de miscibilidad de con la fase móvil. Este trabajo presenta el desarrollo de métodos de análisis para compuestos hidrofílicos en presencia de LIs inmiscibles en agua, se evaluaron la cromatografía en fase inversa convencional y de par iónico, así como, la cromatografía de interacciones hidrofílicas, siendo esta última la que mostró mejores resultados. Los métodos propuestos presentaron un buen desempeño y representan una alternativa útil para el análisis de fármacos hidrofílicos.