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Ciertos tipos de cubierta, como el manglar, la marisma de gramíneas y ciperáceas y el blanquizal, están muy mezclados, de manera que se utilizaron clases como "manglar + marisma" o "blanquizal + manglar". La superficie cubierta por asociaciones de manglar cubre más de 62 000 ha (50% de la parte terrestre del área protegida). Las selvas, fuertemente perturbadas por las actividades humanas (quemas), se localizan en la parte oriental del área protegida y ocupan una superficie de 20 000 ha (16% del área protegida). En la región hay aproximadamente 1 000 petenes que forman cerca de 800 parches de vegetación, de los cuales 755 se ubican dentro del área protegida de "Los Petenes". Campeche y, la mayor parte restante, en la reserva de Celestún, Yucatán. La vegetación de petenes ocupa alrededor del 12% del área protegida, una superficie parecida a la de las marismas de gramíneas y ciperáceas y las de blanquizales.