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Los índices a nivel del paisaje permiten caracterizar el conjunto de parches que lo conforman, como por ejemplo, la densidad de parches, la densidad de bordes entre diferentes tipos de parche o la diversidad de elementos presentes en el área, entre otros. Los índices de fragmentación a nivel del paisaje se calculan para una superficie dentro de la cual se supone que las condiciones son homogéneas. Esto facilita los cálculos pero deja de ser válido cuando se estudian superficies grandes y/o heterogéneas. Por esta razón, se calculó el valor de los índices para áreas reducidas de la zona en estudio por medio de "ventanas". O'Neill et al. (1996) sugieren el uso de ventanas dos a cinco veces más grandes que las unidades del paisaje a fin de evitar sesgos en el cálculo de los índices. Para cada ventana se calcularon: a) la densidad de borde (longitud de borde / unidad de área) y b) el índice de diversidad de Simpson. La densidad de borde se calculó con base en los límites entre parches forestales (petenes y selvas) y no forestales (manglares, marisma de gramíneas y ciperáceas, blanquizales). Se consideró a la matriz de manglar como no forestal, porque presenta una altura inferior a 4 m. Se tomaron igualmente en cuenta los bordes formados por las carreteras. El índice de diversidad de Simpson es la probabilidad de que dos puntos seleccionados al azar estén ubicados en parches de clase diferente (McGarigal y Marks, 1994):