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Análisis de parsimonia de endemismos. El Análisis de Parsimonia de Endemismos (PAE por sus siglas en inglés) originalmente propuesto por Rosen (1988 en Morrone et al. 1999) es un método utilizado para agrupar áreas o localidades (análogas a taxones) utilizando los taxones que comparten (análogos a caracteres), de acuerdo con la solución más parsimoniosa. Los cladogramas resultantes de este análisis representan conjuntos de áreas anidadas (Morrone & Crisci 1995). De esta forma, al aplicar el PAE se pueden hipotetizar causas históricas comunes para explicar las agrupaciones de estas áreas (Morrone et al. 1999; Luna et al. 1999, Luna & Alcántara 2001). Para poder apreciar patrones de relación y regionalización con base en la avifauna de la zona se llevaron a cabo dos PAE: uno para las especies residentes y otro para la avifauna total por transecto (Rojas-Soto et al. 2003, Navarro et al. 2004). Se construyó una matriz de presencia/ausencia de especies en los 24 transectos, en ambos casos la raíz del cladograma fue un transecto hipotético codificado sólo con ausencias (0). Los cladogramas se obtuvieron mediante el programa Nona-WinClada ver. 0.9.99 (Nixon 1999), se utilizó el método de búsqueda heurística, utilizando los siguientes parámetros: 10,000 árboles por análisis, 50 repeticiones y 100 árboles por repetición. Aunado a esto, se realizó una comparación entre los resultados de los análisis de PAE y los del análisis de curvas de atenuación, con objeto de apreciar si los sitios de alto recambio de especies y la topología de los cladogramas son concordantes o no.