Introduction:

Gene expression studies require extraction protocols that allow obtaining high quality RNA, especially when working with tissues rich in polysaccharides, lipids and polyphenols such as pecan nut (Carya illinoinensis [Wangenh.] K. Koch) embryo tissue.

Objective:

To evaluate the efficiency of eight methods of total RNA extraction from pecan nut embryo tissue.

Materials and methods:

Eight total RNA extraction protocols based on TRI Reagent®, CTAB (hexadecyltrimethylammonium bromide) buffer and a commercial kit were evaluated. Total RNA yield and quality were determined by spectrophotometry (UV/visible). RNA viability and integrity were analyzed by RT-PCR using actin as a reference gene.

Results and discussion:

Extraction protocols based on TRI Reagent® provided high concentrations of total RNA, but with a high degree of contamination. The commercial kit was used to extract total RNA, but without the expected optimal purity. Finally, protocols based on CTAB buffer achieved total RNA yields of optimal quality.

Conclusions:

The quality of total RNA varies according to the efficiency of the method used. The CTAB 4 protocol represents an efficient alternative for the isolation of RNA from embryonic tissues of C. illinoinensis.

Introducción:

Los estudios de expresión génica requieren protocolos de extracción que permitan la obtención de ARN de alta calidad, especialmente cuando se trabaja con tejidos ricos en polisacáridos, lípidos y polifenoles como el tejido embrionario de nuez pecanera (Carya illinoinensis [Wangenh.] K. Koch).

Objetivo:

Evaluar la eficiencia de ocho métodos de extracción de ARN total a partir de tejido embrionario de nuez pecanera.

Materiales y métodos:

Se evaluaron ocho protocolos de extracción de ARN total basados en el reactivo TRI Reagent®, buffer CTAB (bromuro de hexadeciltrimetilamonio) y un kit comercial. El rendimiento y calidad de ARN total se determinaron por espectrofotometría (UV/visible). La viabilidad e integridad del ARN se analizó mediante RT-PCR utilizando actina como gen de referencia.

Resultados y discusión:

Los protocolos de extracción basados en el reactivo TRI Reagent® permitieron la obtención de concentraciones altas de ARN total, pero con grado elevado de contaminación. Mediante el uso del kit comercial fue posible la extracción de ARN total, pero sin la pureza óptima esperada. Finalmente, los protocolos basados en el buffer CTAB consiguieron rendimientos de ARN total de calidad óptima.

Conclusiones:

La calidad del ARN total varía de acuerdo con la eficiencia del método utilizado. El protocolo CTAB 4 representa una alternativa eficaz para el aislamiento de ARN de tejidos embrionarios de C. illinoinensis.

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