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Cirugía y cirujanos

versión On-line ISSN 2444-054Xversión impresa ISSN 0009-7411

Cir. cir. vol.90 no.2 Ciudad de México mar./abr. 2022  Epub 02-Mayo-2022

https://doi.org/10.24875/ciru.21000561 

Cartas al editor

Alta frecuencia del alelo ancestral del polimorfismo SNV rs11212617 del gen ATM en población mestiza mexicana del Noroccidente

High frequency of the ancestral allele from SNV rs11212617 polymorphism of the ATM gene in a Mexican Norwest population

Claudia B. Montaño-Montejano1 

Diana García-Cruz1  2 

José Sánchez-Corona3 

Héctor V. Ortega4 

Sergio A. Ramírez-García5  * 

1Departamento de Biología Molecular y Genómica, Centro Universitario de Ciencias de la Salud, Universidad de Guadalajara, Guadalajara, Jalisco, México

2Departamento de Biología Molecular y Genómica, Instituto de Genética Humana Dr. Enrique Corona Rivera, Centro Universitario de Ciencias de la Salud, Universidad de Guadalajara, Guadalajara, Jalisco, México

3División de Medicina Molecular, Centro de Investigación Biomédica de Occidente, Centro Médico Nacional de Occidente, Instituto Mexicano del Seguro Social, Guadalajara, Jalisco, México

4Departamento o Servicio, Thomas Jefferson University, Filadelfia, Pensilvania, Estados Unidos

5Instituto de Nutrición de la Universidad de la Sierra Sur, Miahuatlán de Porfirio Díaz, Oaxaca, México


Sr. Editor:

El gen ATM con locus en 11q22.3 codifica para la proteína cinasa nuclear de la ataxia telangiectasia (ATM), que regula el ciclo celular a través de las proteínas P53, BCRA1y RB1. Lo conforman 66 exones y 65 intrones (Fig. 1A)1. Algunas de sus variantes genéticas se relacionan con enfermedades como la ataxia telangiectasia y otras patologías inmunometabólicas (Fig. 1)1,2. En población mexicana solo se han reportado variantes de este gen en el cáncer de mama3. El SNV rs11212617, el cual consiste en una transversión A>C en un marco de lectura abierto (C11orf65), ha sido asociado también con diabetes y patologías cardiovasculares4, mas no se ha estudiado en México. Con estas consideraciones se analizó el SNV rs11212617 en mexicanos mestizos de acuerdo con los criterios de selección de Chakraborty para la proporción del alelo menor del SNV, por lo cual se incluyeron 269 muestras de DNA de individuos sanos4. La detección del SNV se realizó mediante PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) y electroforesis por isoelectroenfoque por SSCP (Single-Strand Chain Polymorphism), como se reportó previamente (Fig. 1B)5, y fue corroborado por secuenciación automatizada. Así, la distribución de alelos en la población analizada muestra las siguientes frecuencias relativas: alelo ancestral A 0.7918 (n = 426) y 0.2081 (n = 112) para el alelo C. Genotipos: homocigotos A 0.639 (n = 172), heterocigotos 0.304 (n = 82) y homocigotos C 0.055 (n = 15). La distribución no presenta diferencias significativas con las frecuencias esperadas (χ2 = 1.528; p = 0.216), por lo que la variante está en equilibrio Hardy Weinberg (Tabla 1). La heterocigosidad observada fue de 0.82, la esperada de 0.88 y la máxima de 0.5 (p = 0.71).

Figura 1 A: espectro clínico del varioma y proteoma del gen de la ataxia telangiectasia (ATM). B: electroforesis PAGE20% homogénea y electroferograma de la secuenciación por Sanger de los productos de PCR-FRLP del SNV rs11212617. Las condiciones de amplificación de la PCR y digestión enzimática con HpyCH4III fueron las descritas previamente5. La electroforesis de los productos de digestión de PCR se corrieron mediante el equipo PhastSystem™ (Amersham Biosciences) por 1.5 horas. Fase 1.1 10 Vh, 10 mA, 2.0 W, 5 °C, 55 Vh. Fase 1.2 150 V, 1 mA, 2.5 W, 5 °C, 10 Vh, y se diferenciaron por los tamaños y cortes. El fragmento de 209 pb genera dos productos, uno de 153 pb y otro de 56 pb. La banda de 209 pb corresponde al genotipo homocigoto (A/A) (carriles 1 y 2 del gel). Cuando están presentes tres bandas, 209, 153 y 56 pb, respectivamente, corresponde al genotipo heterocigoto (A/C) (carriles 5, 6 y 7 del gel). Finalmente, si hay dos bandas, 153 y 56 pb, corresponde al genotipo homocigoto (C/C) (carriles 3 y 4 del gel), lo cual se corrobora por la secuenciación por Sanger. 

Table 1 Frecuencias globales alélicas y genotípicas del SNV rs11212617 del gen ATM 

Población Frecuencia alélica Frecuencia genotípica


N.º sujetos A C AA AC CC χ2 p
Presente estudio 269 0.7918 0.2081 0.639 0.304 0.055 1.5280 0.2164
Sur de India* 112 0.65 0.35 0.39 0.52 0.09 2.2219 0.1361
Caucásicos* 113 0.54 0.47 0.27 0.54 0.19 0.8784 0.3486
China* 43 0.31 0.69 0.09 0.44 0.47 0.0284 0.8662
Japón* 86 0.38 0.67 0.19 0.39 0.42 2.3156 0.1281
África* 113 0.19 0.81 0.02 0.34 0.65 1.3993 2.2368
África
GnomAD 8682 0.2752 0.7248 NR NR NR NR NR
Asia
1000 genomas/Sur de Asia 978 0.627 0.373 NR NR NR NR NR
gnomAD/Este de Asia 1552 0.3595 0.6405 NR NR NR NR NR
Europa
ALFA 82410 0.5793 0.4206 NR NR NR NR NR
gnomAD 18866 0.5760 0.4239 NR NR NR NR NR
América
PAGE/Nativos americanos 1260 0.523 0.477 NR NR NR NR NR
PAGE/Nativos de Hawái 4534 0.400 0.599 NR NR NR NR NR
PAGE/África-americanos 32516 0.277 0.722 NR NR NR NR NR
PAGE/Ancestria mexicana 10808 0.621 0.378 NR NR NR NR NR
PAGE/Puerto Rico 7918 0.520 0.479 NR NR NR NR NR
PAGE/Cuba 4230 0.557 0.442 NR NR NR NR NR
PAGE/República Dominicana 3828 0.448 0.551 NR NR NR NR NR

Nota: dbSNP 2021.

ALFA: frecuencias agregadas de alelos y genotipos; gnomAD: base de datos de agregación del genoma;

NR: datos no reportados; PAGE: Estudio de Arquitectura de la Población usando Genómica y Epidemiología; SGDP_PRJ: Proyecto de diversidad del genoma Simons.

*Datos tomados de Vilvanathan S et al.6

En conclusión el presente reporte es el primer estudio regional y nacional del SNV rs11212617 del gen ATM en mexicanos mestizos, y crea un referente para la realización de futuros estudios de asociación en enfermedades metabólicas, vasculares, oncológicas e infecciosas en población mexicana.

Agradecimientos

En memoria del Dr. José Sánchez Corona, pionero y líder de la genética médica y molecular en México, nuestro agradecimiento por el apoyo en la realización del trabajo. Los autores agradecen al CONACYT por la beca CONACYT 827836 para la realización de estudios de Posgrado a favor de Claudia B. Montaño-Montejano.

Bibliografía

1. Saviozzi S, Saluto A, Taylor A, Last F, Rebini F, Paradisio MC, et al. A late onset variant of ataxia telangiectasia with a compound heterozygous genotype, A8030G/7481insA. J Med Genet. 2002;39:57-61. [ Links ]

2. Ahmadi A, Behmanesh M, Boroumand MA, Boroumand MA, Tavallaei M. Up-regulation of MSH2, XRCC1 and ATM genes in patients with type 2 diabetes and coronary artery disease. Diabetes Res Clin Pract. 2015;109:500-6. [ Links ]

3. Calderón ZF, Ocampo GG, López-Márquez FC, Recio-Vega R, Serrano-Gallardo LB, Ruiz-Flores P. ATM polymorphisms IVS24-9delT, IVS38-8T>C, and 5557G>A in Mexican women with familial and/or early-onset breast cancer. Salud Publica Mex. 2014;56:206-12. [ Links ]

4. Chakraborty R, Zhong Y. Statistical power of an exact test of Hardy-Weinberg proportions of genotipic data at a multiallelic locus. Hum Heredity. 1994;44:1-9. [ Links ]

5. Shokri F, Ghaedi H, Ghafouri FS, Movofagh A, Abediankenari S, Mahrooz A, et al. Impact of ATM and SLC22A1 polymorphisms on therapeutic response to metformin in Iranian diabetic patients. Int J Mol Cell Med. 2016;5:1-7. [ Links ]

6. Vilvanathan S, Gurusamy U, Mukta V. Allele and genotype frequency of a genetic variant in ataxia telangiectasia mutated gene affecting glycemic response to metformin in South Indian population. Indian J Endocrinol Metab. 2014;18:850-4. [ Links ]

FinanciamientoFondo COECYTJAL 2013 y POA-2020 Programa de Doctorado en Genética Humana, Universidad de Guadalajara, a favor de Diana García-Cruz. PRODEP-SEP-Programa de Fortalecimiento de CA-2014, a favor de Sergio A. Ramírez-García.

Responsabilidades éticas

Protección de personas y animales. Los autores declaran que para esta investigación no se han realizado experimentos en seres humanos ni en animales.

Confidencialidad de los datos. Los autores declaran que han seguido los protocolos de su centro de trabajo sobre la publicación de datos de pacientes.

Derecho a la privacidad y consentimiento informado. Los autores han obtenido el consentimiento informado de los pacientes y/o sujetos referidos en el artículo. Este documento obra en poder del autor de correspondencia.

Recibido: 02 de Julio de 2021; Aprobado: 29 de Septiembre de 2021

* Correspondencia: Sergio A. Ramírez-García Calle Guillermo Rojas Mijangos S/N. Colonia Ciudad Universitaria, C.P. 70800, Miahuatlán de Porfirio Díaz, Oax., México E-mail: sergioNABMSP@gmail.com

Conflicto de intereses

No existe conflicto de intereses por parte de los autores.

Creative Commons License Instituto Nacional de Cardiología Ignacio Chávez. Published by Permanyer. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license