Introducción

El 24 noviembre del 2021, a casi dos años del primer caso reportado de COVID-19 en Wuhan, China, hubo alrededor de 260 millones de casos confirmados y más de cinco millones de muertes en todo el mundo;¹ la Organización Mundial de la Salud informó sobre una nueva variante de preocupación (VoC) de SARS-CoV-2, llamada Ómicron (B.1.1.529), la segunda en esta clasificación después de Delta. Esta variante presenta un número muy elevado de mutaciones, aproximadamente 32 en la proteína de la espícula (S), la región más antigénica y contra la cual se generan anticuerpos tanto por la vacuna como por infección.² El primer caso identificado proviene de Botsuana, reportado el 11 de noviembre del 2021 y pocos días después otro caso más se originó en Hong Kong en un viajero proveniente de Sudáfrica.¹ De acuerdo con las investigaciones, esta nueva variante presenta una “muy inusual constelación de mutaciones”, por lo que ha causado preocupación en cuanto a si es capaz de evadir la inmunidad generada, ya sea por infección o por vacunación.³ A continuación, presentamos el primer caso confirmado de COVID-19 provocado por la variante Ómicron en México.

Presentación del caso

Se trata de un paciente masculino de 51 años, sin antecedente de enfermedades crónico-degenerativas ni alergias. Presenta un esquema de vacunación completo contra SARS-CoV-2 por Pfizer-BioNTech con dos dosis. Originario y proveniente de Sudáfrica con llegada a la Ciudad de México el día 28 de noviembre del 2021. Dicho paciente tenía un antecedente de prueba negativa por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para SARS-CoV-2 realizada en su país de origen antes de viajar.

El cuadro clínico comenzó el día de su llegada a México con malestar general, mialgias, cefalea, congestión nasal y tos productiva, por lo que acudió al servicio de urgencias de nuestro hospital el 29 de noviembre del 2021. Durante su evaluación, el paciente se encontraba estable, sin alteraciones clínicas de relevancia. Signos vitales: FC 85 lpm, FR 18 rpm, temperatura 36.5 ^oC y saturación O₂ 95% al aire ambiente. Laboratorios (biometría hemática, química sanguínea de 27 elementos, interleucina 6, dímero D) sin alteraciones de relevancia, presentando únicamente proteína C reactiva 0.800 mg/dL (0.010-0.744 mg/dL), ferritina 324.5 ng/mL (21.8-274.7 ng/mL).

Anticuerpos IgG anti-nucleocápside SARS-CoV-2 negativos 0.09 índice (< 1.4 negativos). Anticuerpos IgM anti-nucleocápside SARS-CoV-2 negativos 0.33 índice (< 1 negativos). Anticuerpos IgG anti-proteína S SARS-CoV-2 positivos 20193.2 UA/mL (> 50 UA/mL positivos). Tomografía de tórax sin evidencia de afectación del parénquima pulmonar (Figura 1).

Figura 1: Tomografía de tórax (corte axial y coronal) sin evidencia de afección pulmonar. 

Se solicitó muestra de hisopado nasofaríngeo a la que se realizó prueba de detección de antígeno para SARS-CoV-2 (Sofia, SARS antigen FIA, QUIDEL) con resultado positivo. Posteriormente, se realizó RT-qPCR confirmatoria utilizando las sondas RealStar^® SARS-CoV-2 RT-qPCR Kit 1.0, Altona diagnostics observándose únicamente amplificación del gen E perteneciente a la familia de los betacoronavirus y ausencia del gen S específico para SARS-CoV-2 (Figura 2).

RFU = Relative Fluorescence Units.

Figura 2: Curvas de amplificación para SARS-CoV-2 por RT-qPCR por Altona Diagnostics. La curva en color verde corresponde al control interno (Ct 35) y la curva azul corresponde al gen E (Ct 37). No se observa curva de amplificación del gen S al que correspondería una curva morada. 

Dado que no se pudo corroborar el resultado positivo por la falta de amplificación de ambos genes, se procedió a realizar otra prueba RT-qPCR utilizando dos diferentes métodos. Uno fue el kit VIASURE SARS-CoV-2/Real Time PCR Detection y el segundo el Xpert^® Xpress SARS-CoV-2, GeneXpert en el cual se obtuvo un resultado positivo satisfactorio por la amplificación completa de los genes deseados; ORF1b y N para VIASURE y los genes E y N para GeneXpert (Figuras 3 y 4).

RFU = Relative Fluorescence Units.

Figura 3: Curvas de amplificación de los genes ORF1b y N para SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR kit VIASURE; la curva naranja corresponde al gen E (Ct 30) y la curva azul corresponde al gen ORF1b (Ct 32). El control interno pertenece a la curva verde. 

Figura 4: Curvas de amplificación de los genes E y N para SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR GeneXpert; la curva azul corresponde al gen E (Ct 17) y la curva naranja corresponde al gen N (Ct 19). 

Ante la sospecha de la presencia de probables mutaciones en el gen S características de la variante Ómicron y teniendo en cuenta el antecedente epidemiológico del paciente, se solicitó secuenciación de la muestra al Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE) para confirmación de la variante.

En cuanto al paciente, se solicitó ingreso hospitalario para aislamiento y contención de la transmisión por la alta sospecha de ser portador de la variante Ómicron. Durante su estancia hospitalaria recibió manejo con remdesivir por cinco días y antiinflamatorios no esteroideos (AINE), sin requerimiento de oxígeno suplementario (SaO₂ mayor a 95%). Se mantuvo estable, afebril, refiriendo sólo fatiga y cefalea con buena respuesta a AINE. Normalización de estudios de laboratorio y radiografía de tórax sin cambios con respecto a la de ingreso. Al sexto día de estancia hospitalaria (día 9 de inicio de la sintomatología) se realizó nueva prueba de RT-qPCR en hisopado nasofaríngeo para SARS-CoV-2 como seguimiento, donde se observó reducción importante de la carga viral (Ct 32/45). Por mejoría clínica y ante la ausencia de complicaciones se decide su egreso para continuar vigilancia y recuperación ambulatoria.

El día 29 de noviembre de 2021 se recibió confirmación oficial por parte del InDRE de que se trataba de la variante Ómicron y del primer caso identificado en el país (Figura 5).

Figura 5: Reporte del InDRE confirmando el primer caso de COVID-19 relacionado a la variante Ómicron en México en el portal GISAID. 

Discusión

Casi a diario se presentan nuevas variantes de SARS-CoV-2 y de acuerdo con la Organización Mundial de la Salud, se clasifican en variantes de bajo monitoreo (VBM), variantes de interés (VoI), variantes de preocupación (VoC) y variantes de grandes consecuencias (VoHC). La falta de una correcta política de salud, bajos índices de vacunación a nivel mundial, la existencia de una importante población de pacientes con diferentes tipos de inmunocompromiso y la nula vigilancia genómica del virus en países de bajos recursos, representan las condiciones ideales para la generación de nuevas variantes y que éstas no sean detectadas a tiempo. La evidencia hasta este momento nos dice que, si bien la variante Ómicron puede ser mucho más contagiosa que las variantes previas, parece no producir cuadros severos de la enfermedad, como se ha presentado en las variantes anteriores (Tabla 1).⁴ Es recomendable llevar a cabo iniciativas de vigilancia genómica de una manera sistemática para poder estudiar las mutaciones y la evolución del virus.³ Es por esto que debe hacerse un esfuerzo a nivel global entre gobiernos, empresas farmacéuticas e instituciones de salud para poder controlar esta pandemia de manera efectiva. Se necesita más tiempo para poder tomar decisiones sobre los riesgos que representa esta nueva variante, aunque la inmunización masiva y las medidas de protección comunitaria seguirán siendo prioridad. Las autoridades gubernamentales deberán fortalecer las políticas y estrategias para conseguir la mayor cantidad de personas vacunadas.