Abstract

EGUIARTE, Luis E.; AGUIRRE-PLANTER, Erika; CASTELLANOS-MORALES, Gabriela  and  SOUZA, Valeria. Perspectivas en genética evolutiva de plantas: Una guía de campo en 15 “sencillos pasos” a las herramientas modernas de la genética evolutiva y la genómica. Bot. sci [online]. 2022, vol.100, n.spe, pp.83-109.  Epub Oct 17, 2022. ISSN 2007-4476.  https://doi.org/10.17129/botsci.3112.

Los genomas vegetales contienen gran cantidad de información y las herramientas moleculares para analizarlos son cada vez más económicas y continúan mejorando. Presentamos un “mapa de ruta” para aprovechar esta explosión de métodos moleculares. Explicamos cómo decidir cuál es la estrategia adecuada para abordar un problema evolutivo o taxonómico a partir de 15 posibles (y en ocasiones no consecutivos) pasos para aprovechar los recursos genómicos disponibles. Describimos cómo obtener una secuencia genómica adecuada considerando la especie y los objetivos del estudio, y discutimos si se requiere obtener datos de transcriptoma u “ómicos” adicionales (p. ej., proteoma, metaboloma, epigenoma, microbioma). Analizamos qué se necesita para hacer estudios de genómica poblacional en términos de los posibles métodos genómicos y las estrategias de muestreo y discutimos el concepto del pangenoma. Además, presentamos algunas consideraciones sobre cómo estimar parámetros genéticos poblacionales y cómo analizar la diferenciación genética, la endogamia y el flujo génico. Examinamos ideas y métodos para estimar la selección natural y la adaptación local, para detectar genes candidatos, y reflexionamos sobre cómo los análisis coalescentes pueden ayudar en estos estudios, así como sobre la importancia de la información genómica en estudios de conservación y para comprender la adaptabilidad ante el cambio climático. Evaluamos cómo la forma y la función pueden inferirse a partir de los genes. Adicionalmente, discutimos como el uso de la información genómica puede servir para el mejoramiento de plantas cultivadas y en estudios de domesticación. También revisamos el uso de estos métodos en estudios filogenómicos.

Keywords : Adaptación; Coalescencia; Genómica de poblaciones; Genómica para la conservación; Pangenoma; Secuenciación paralela masiva.

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