Abstract

ESCALANTE, Ana E.; JARDON BARBOLLA, Lev; RAMIREZ-BARAHONA, Santiago  and  EGUIARTE, Luis E.. El estudio de la biodiversidad en la era de la secuenciación masiva. Rev. Mex. Biodiv. [online]. 2014, vol.85, n.4, pp.1249-1264. ISSN 2007-8706.  https://doi.org/10.7550/rmb.43498.

Recientemente se han desarrollado nuevas tecnologías de secuenciación masiva, conocidas como secuenciación de siguiente generación (NGS, por sus siglas en inglés). Estas tecnologías permiten secuenciación rápida, masiva y a bajo costo de regiones genómicas o genomas completos, haciendo posible estudios genómicos de organismos no modelo y estudios metagenómicos. Estas tecnologías prometen expandir las aproximaciones moleculares de estudios ecológicos y evolutivos hacia asuntos relacionados con conservación y manejo de la diversidad biológica ante retos como cambio climático. Entre las plataformas NGS disponibles hay diferencias fundamentales que resultan en diferente precisión en la determinación de las secuencias, así como diferencias en la longitud de las mismas. Algunas diferencias clave entre plataformas son los procedimientos para la preparación de bibliotecas (cuando son necesarias) y el proceso de secuenciación per se (e.g., pirosecuenciación, síntesis). En esta revisión se describen las plataformas comercialmente disponibles para NGS y se discuten sus aplicaciones en estudios de biodiversidad de organismos modelo o no modelo, como son análisis de polimorfismos únicos (SNPs), así como análisis de genomas completos y aproximaciones metagenómicas para el estudio de comunidades microbianas. También revisamos posibles aplicaciones de los métodos NGS para resolver problemas taxonómicos, filogenéticos, de biología de la conservación y de ecosistemas, todos relevantes en el estudio de la biodiversidad. Adicionalmente se presenta una estimación actual de los costos asociados para cada plataforma, así como las implicaciones computacionales para los análisis de secuencias derivadas de estas tecnologías.

Keywords : secuenciación masiva en paralelo; secuenciación de siguiente generación; genómica; metagenómica.

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