Abstract

GONZALEZ, Dolores  and  VOVIDES, Andrew P.. Una modificación al método SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) aporta entendimiento filogenético en Ceratozamia (Zamiaceae). Rev. Mex. Biodiv. [online]. 2012, vol.83, n.4, pp.929-938. ISSN 2007-8706.  https://doi.org/10.7550/rmb.27125.

Las relaciones filogenéticas entre especies de plantas cercanamente relacionadas es aún problemático. Las regiones intergénicas del ADN son a menudo insuficientemente variables para proveer los niveles de resolución y soporte deseados. En este estudio, se usó una modificación al método Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) para encontrar loci polimórficos para análisis filogenéticos en Ceratozamia. Primero se usaron marcadores RAPD para detectar variación en 5 especies; luego, se cortaron del gel los fragmentos de la misma longitud en 2 o más especies, se purificaron y se digirieron con enzimas de restricción de corte frecuente para aislar las 2 terminaciones que tienen el mismo sitio del oligo. Los fragmentos digeridos se secuenciaron con el oligo usado para los RAPD. Las secuencias variables se usaron para diseñar oligos específicos para amplificar y secuenciar todas las especies para los análisis filogenéticos. Nuestros resultados confirmaron la elevada semejanza del genoma, previamente detectada dentro de este género, que contrasta con su elevada variación morfológica. Sólo 7 caracteres parsimoniosamente informativos se encontraron con esta estrategia. No obstante, el método SCAR-digerido (D-SCAR) aportó entendimiento filogenético adicional. Se detectaron 4 clados principales que son consistentes con el intervalo de distribución de las especies. La estrategia presentada en este trabajo fue efectiva para resolver algunas relaciones dentro del género y potencialmente puede implementarse en otros organismos para encontrar loci polimórficos para estudios filogenéticos a cualquier nivel taxonómico.

Keywords : filogenia; cícadas; D-SCAR; marcadores moleculares; RAPD; enzimas de restricción; loci polimórficos; parsimonia.

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