Resumen

RAMOS, F. et al. Concurrent Dynamic Visualizations With Expressive Petri Net Representations to Enrich the Understanding of Biological and Pathological Processes: an Application to Signaling Pathways. J. appl. res. technol [online]. 2012, vol.10, n.5, pp.766-782. ISSN 2448-6736.

En biología de sistemas la visualización dinámica y las representaciones expresivas son necesarias para representar interacciones múltiples que ocurren durante los procesos biológicos en bioredes. La visualización dinámica facilita a los usuarios interactuar con modelos de bioredes, mientras que las representaciones deben expresar como se llevan a cabo las interacciones dentro de éstas. A pesar de que diversas bases de datos proveen de redes a los usuarios, generalmente la información y representación contenidas en cada una son diferentes, y la interacción usuario-biored es restringida debido a la visualización estática. Una solución que se ha adoptado es hacer converger varias representaciones para obtener una más completa. Sin embargo, debido al uso de diferentes formatos incompatibles entre ellos y a las múltiples conexiones involucradas en las redes, la integración frecuentemente resulta en modelos erróneos y en una maraña de conexiones representadas en la red que son muy difíciles de analizar y manipular. En este trabajo introducimos la visualización dinámica concurrente (VDC) de una misma vía, la cual es recuperada de diferentes bases de datos y transformada a representaciones en redes de Petri para facilitar el entendimiento de los procesos biológicos y modificar las vías obtenidas interactuando con ellas. Hemos aplicado esta estrategia al análisis de la vía de señalización de Notch, asociada a cáncer cérvicouterino, obteniéndola de tres diferentes fuentes, comparándolas y manipulándolas simultáneamente interactuando con la VDC provista, hasta la generación de una vía personalizada.

Palabras llave : Petri nets; dynamic visualization; signaling pathways; pathway databases.

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