Resumo

GARCIA BLANQUEL, Ericka; GARCIA BLANQUEL, Claudia  e  LUNA-GARCIA, René. Algoritmo evolutivo híbrido para optimización geométrica molecular. Comp. y Sist. [online]. 2019, vol.23, n.2, pp.569-582.  Epub 10-Mar-2021. ISSN 2007-9737.  https://doi.org/10.13053/cys-23-2-2541.

En este trabajo se desarrolla un algoritmo híbrido para el problema de optimización geométrica molecular el cual está clasificado como NP-completo. La propuesta se basa en combinar un algoritmo evolutivo con un algoritmo de agrupamiento para equilibrar la exploración y la explotación del espacio de búsqueda. Este algoritmo trabaja con la estructura secundaria de una molécula de proteína, utilizando como componentes principales a los ángulos diedros φ(phi) y ψ(psi) de la cadena principal, ya que de ellos depende directamente la energía del sistema. Estos ángulos se describen en una gráfica de Ramachandran y la búsqueda local trabaja sobre las regiones de valores permitidos para φ y ψ de esta gráfica, de tal manera que la búsqueda es dirigida hacia las conformaciones de menor energía.

Palavras-chave : Optimización geométrica; algoritmo evolutivo; algoritmo de agrupamiento.

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