Scielo RSS <![CDATA[TIP. Revista especializada en ciencias químico-biológicas]]> http://www.scielo.org.mx/rss.php?pid=1405-888X20120002&lang=es vol. 15 num. 2 lang. es <![CDATA[SciELO Logo]]> http://www.scielo.org.mx/img/en/fbpelogp.gif http://www.scielo.org.mx <![CDATA[<b>Estudio comparativo de algunos elementos</b> <b>de las extremidades de las familias Felidae y Canidae (Mammalia, Carnivora)</b>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-888X2012000200001&lng=es&nrm=iso&tlng=es En este estudio osteológico comparativo se describen, de forma general, las diferencias que existen entre algunos elementos de las extremidades del esqueleto postcraneal de dos familias de carnívoros (Mammalia, Carnivora), Canidae y Felidae. Se utilizaron 42 ejemplares pertenecientes a las dos familias, incluyendo individuos jóvenes, adultos y viejos, depositados en varias colecciones osteológicas de México. Las diferencias morfológicas que se encontraron entre las familias son muy evidentes. Las falanges, metacarpianos, metatarsianos y tarsales de los cánidos son largos y delgados a diferencia de los félidos que son cortos y anchos.<hr/>This comparative osteological study provides an overview of the differences that exist between some limb elements of the postcranial skeleton of two carnivore families (Mammalia, Carnivora), Canidae and Felidae. We used 42 specimens belonging to the two families, including juvenile, adult and old individuals, stored in various osteological Mexican collections. Morphological differences were found between families. The phalanges, metacarpals, metatarsals and tarsals of the Canidae are long and narrow whereas those in Felidae are short and wide. <![CDATA[<b>Consideraciones sobre las algas del Valle de Tehuacán-Cuicatlán</b>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-888X2012000200002&lng=es&nrm=iso&tlng=es El Valle de Tehuacán-Cuicatlán es una zona semiárida que presenta una flora de algas rica en los cuerpos de agua temporales y permanentes, consta de 357 especies, muchas de ellas no registradas previamente en México: 183 especies de Bacillariophyta representan cerca del 50 % de la flora; 81 especies de Cyanoprokaryota constituyen el 22 % de la misma, 77 especies de Chlorophyta aportan el 20 % de la riqueza; complementan la flora 10 especies de Euglenophyta (2.8 %), 5 especies de Heterokontophyta (1.4 %) y una especie de Rhodophyta (0.2 %). Las especies más frecuentes y más ampliamente distribuidas son en su mayoría alcalífilas y eurihalobias. sin embargo, la mayoría de las especies se distribuyen principalmente en una o dos localidades y en dos tipos de ambientes (canales de riego y charcos). se discute sobre la heterogeneidad de la composición tomando en cuenta la frecuencia de aparición en las muestras y en las cuatro zonas del Valle y el significado de esa distribución. El análisis de distribución y dominancia de las especies sugiere que las condiciones acuáticas del Valle son muy cambiantes y ello promueve la proliferación de especies de un espectro ecológico amplio, dentro de los límites generales de alcalinidad y salinidad moderadas.<hr/>The Valley of Tehuacán-Cuicatlán is a semi-arid area that has a rich flora of algae in temporary and permanent water bodies, consisting of 357 species, many of them not previously registered in Mexico. The richness of this flora is distributed as follows: 183 species of Bacillariophyta (nearly 50%), 81 species of Cyanoprokaryota (22%), 77 species of Chlorophyta (20%); 10 species of Euglenophyta (2.8%), 5 species of Heterokontophyta (1.4%) and one species of Rhodophyta (0.2%). The most frequent and widely distributed are mainly alkaliphilous and euryhalobous algae. However, the majority of them are distributed in one or two localities and in two types of environments (irrigation canals and ponds). We discuss the heterogeneous composition by taking into account the frequency of occurrence in samples and in the four zones of the Tehuacán-Cuicatlán Valley as well as the significance of that distribution. Analysis of distribution and species dominance suggests that water conditions of this valley are very changeable and promote the proliferation of species of broad ecological range, within the overall limits of moderate alkalinity and salinity. <![CDATA[<b>La producción de especies reactivas de oxígeno (EROs) en las mitocondrias de <i>Saccharomyces cerevisiae</i></b>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-888X2012000200003&lng=es&nrm=iso&tlng=es La mitocondria es el principal productor de especies reactivas de oxígeno durante los procesos normales oxidativos del metabolismo, principalmente a través de las reacciones de óxido-reducción que ocurren en los complejos de transferencia de electrones y que tienen al oxígeno como el último aceptor de electrones. De particular interés, Saccharomyces cerevisiae no cuenta con el complejo l y en su lugar se encuentran tres deshidrogenasas alternas; sin embargo, sí contiene los complejos clásicos ll, lll y lV. Los últimos dos complejos (lll y lV) bombean protones al espacio intermembrana para generar un gradiente electroquímico, el cual es utilizado por la ATP sintetasa para la formación de ATP. Las deshidrogenasas alternas que se encuentran expuestas hacia el espacio intermembrana y el complejo lll, son los componentes principales que generan los radicales superóxido. Para transformar el ión superóxido en un compuesto menos nocivo, la mitocondria contiene enzimas encargadas de convertirlo en moléculas menos reactivas.<hr/>Mitochondria are the main producers of reactive oxygen species during the normal processes of oxidative metabolism, mainly through oxidation-reduction reactions occurring in the electron transfer complexes and having oxygen as the last electron acceptor. saccharomyces cerevisiae lacks complex l, but has three alternative dehydrogenases, and the classic complexes II, III and IV. The latter two complexes (lll and lV) pump protons towards the intermembrane space to generate an electrochemical gradient, which is used by the ATP synthase to sinthesize ATP. The alternative dehydrogenases that are exposed to the intermembrane space and complex III are the main components that generate superoxide radicals. To transform the superoxide ion into a less noxious compound, mitochondria contain enzymes that convert them into less reactive molecules. <![CDATA[<b>Estructura y función de la ATP sintasa de las arqueas aeróbicas</b>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-888X2012000200004&lng=es&nrm=iso&tlng=es Desde el descubrimiento de las arqueas ha llamado la atención su capacidad para sobrevivir en ambientes difíciles. A través de los años, las arqueas han pasado de ser rarezas extremófilas a ser consideradas organismos de importancia universal que han sido utilizados para elucidar preguntas biológicas fundamentales. La filogenia del dominio Arquea se encuentra en constante cambio y cuenta hasta la fecha con 5 ramas principales: Crenarchaeota, Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Korarchaeota y Nanoarchaeota. En el presente trabajo se enlistan las principales características estructurales de los complejos respiratorios de los géneros de arqueas aeróbicas más estudiados. Se presenta una comparación morfológica de la ATP sintasa de estos organismos con el resto de la familia de las ATPasas rotatorias (F- y V-ATPasas); así como un análisis topológico de este complejo enzimático (A1Ao-ATP sintasa) tomando como base la función de cada una de las subunidades que lo conforman.<hr/>Ever since Archaea were discovered, their ability to thrive in extreme environments has attracted much attention. Over the years, archaea have gone from microbial extremophilic oddities to organisms of universal importance and have been used to elucidate fundamental biological questions. The phylogeny of the Archaea domain is in constant evolution; to this day it is composed by five main branches: Crenarchaeota, Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Korarchaeota and Nanoarchaeota. In the present study, we list the main structural features of the respiratory complexes of the most studied genera of aerobic archaea. We present a morphological comparison of the ATP synthase of these organisms with the rest of the family of rotary ATPases (F- and V-ATPases) as well as a topological analysis of this enzymatic complex (A1Ao-ATP synthase) based on the function of each of the subunits that comprise it. <![CDATA[<b>La mitocondria como fábrica de cofactores: biosíntesis de grupo hemo, centros Fe-S y nucleótidos de flavina (FMN/FAD)</b>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-888X2012000200005&lng=es&nrm=iso&tlng=es Los cofactores hemo, centros Fe-S y los nucleótidos de flavina (FMN y FAD) son esenciales para muchos organismos, existen un gran número de proteínas que dependen de ellos para llevar a cabo sus funciones biológicas. Estos cofactores han sido reconocidos como esenciales para las reacciones de óxido-reducción, pero también están involucrados en otros procesos celulares como la catálisis química, la regulación, la señalización y la detección de señales intra y extra celulares. Diversos grupos de investigación han contribuido al establecimiento de las rutas bioquímicas por las que se sintetizan estos cofactores, así como a la forma en que se transportan y regulan en los diferentes organismos. Todo este conocimiento ha permitido asociar algunas enfermedades con defectos metabólicos en estas rutas de biosíntesis, así como plantear nuevas estrategias terapéuticas y algunas aplicaciones biotecnológicas.<hr/>Iron-sulphur clusters, heme cofactors and flavin-nucleotides are essential for many microorganisms. There are many proteins that depend upon them to perform their biological activities. These cofactors have been recognized as essential for redox reactions and are also involved in many cellular functions such as chemical catalysis, regulation and signalling. Many groups have contributed to the establishment of the biochemical routes by which these cofactors are synthesized, transported and regulated in different organisms. All this knowledge has allowed to link defects on these routes with diseases and syndromes, as well as to propose new therapeutic strategies and biotechnological applications. <![CDATA[<b>La ubiquitinación</b>: <b>un sistema de regulación dinámico de los organismos</b>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-888X2012000200006&lng=es&nrm=iso&tlng=es La regulación de la expresión génica ocurre a distintos niveles, desde el control de la transcripción hasta las modificaciones post-traduccionales que sufren las proteínas. Entre estas últimas se encuentra el mecanismo de ubiquitinación, consistente en la adición de una o varias moléculas de ubiquitina, una proteína pequeña, de manera covalente a proteínas blanco en residuos de lisina. Esto ocurre mediante un mecanismo conservado evolutivamente a rasgos generales desde las bacterias y que en eucariontes consta de tres enzimas: E1 de activación, E2 de conjugación y E3 de ligación. En particular, esta última define en buena medida la especificidad de la reacción, dirigiendo las E2-ubiquitina a las proteínas blanco. Las E3 se dividen en tres clases, dependiendo del dominio activo que posean: RING finger, HECT o U-box. La ubiquitinación puede tener varias consecuencias, aunque la más estudiada es la degradación por el proteasoma 26S de las proteínas marcadas. Estudiar el fenómeno de ubiquitinación en organismos genéticos modelo como la mosca de la fruta confiere muchas ventajas, entre las que se cuenta poder analizar las consecuencias de la función en el organismo completo. Esto permite, entre otras cosas, observar si existen o no relaciones entre células vecinas en el proceso.<hr/>Regulation of genetic expression occurs at different levels, from transcriptional control to post-translational modification of proteins. ubiquitination is one such late process, where target proteins are labeled covalently on a lysine residue with one or more ubiquitin moieties. Ubiquitin itself is a small protein. This mechanism is evolutionarily conserved, present to some degree in bacteria. in eukaryotes, it is organized around three conserved enzymes: E1, an activation enzyme, E2 a conjugation enzyme, and E3, a ligation enzyme. This last class is by far the most diverse, being the main one conferring specificity by guiding E2-ubiquitin complexes to appropriate targets. Depending on the activation domain they possess, there are three classes of E3 enzymes: RiNG-finger, HEcT, and u-box. ubiquitination can signal different outcomes, yet the most studied one is protein degradation via the 26S proteasome. Studying ubiquitination in whole organisms, especially genetic model organisms, confers many advantages, chief among them being the possibility of recording responses of neighboring groups of cells, whether directly affected or not, by the process.