Scielo RSS <![CDATA[Revista mexicana de ingeniería biomédica]]> http://www.scielo.org.mx/rss.php?pid=0188-953220190001&lang=es vol. 40 num. 1 lang. es <![CDATA[SciELO Logo]]> http://www.scielo.org.mx/img/en/fbpelogp.gif http://www.scielo.org.mx <![CDATA[Métricas de Registro de Imágenes y Predicción de Dolor de Rodilla por Osteoartritis Crónica: Datos de la <em>Osteoarthritis Initiative</em>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es Abstract Osteoarthritis (OA) is the most common type of arthritis, is a growing disease in the industrialized world. OA is an incapacitate disease that affects more than 1 in 10 adults over 60 years old. X-ray medical imaging is a primary diagnose technique used on staging OA that the expert reads and quantify the stage of the disease. Some Computer-Aided Diagnosis (CADx) efforts to automate the OA detection have been made to aid the radiologist in the detection and control, nevertheless, the pain inherits to the disease progression is left behind. In this research, it’s proposed a CADx system that quantify the bilateral similarity of the patient’s knees to correlate the degree of asymmetry with the pain development. Firstly, the knee images were aligned using a B-spline image registration algorithm, then, a set of similarity measures were quantified, lastly, using this measures it’s proposed a multivariate model to predict the pain development up to 48 months. The methodology was validated on a cohort of 131 patients from the Osteoarthritis Initiative (OAI) database. Results suggest that mutual information can be associated with K&amp;L OAI scores, and Multivariate models predicted knee chronic pain with: AUC 0.756, 0.704, 0.713 at baseline, one year, and two years’ follow-up.<hr/>Resumen La osteoartritis (OA) es el tipo de artritis más común. OA es una enfermedad limitante que afecta a 1 de 10 adultos con 60 años o más. Las imágenes de rayos-x son una técnica de diagnóstico primario que permite conocer el estado de OA, las cuales el experto lee y cuantifica así la etapa de la enfermedad. El Diagnóstico Asistido por Computadora (CADx, por sus siglas en inglés) ha buscado automatizar el diagnóstico de OA para ayudar al radiólogo en la detección y control; sin embargo, el dolor provocado por la progresión de la enfermedad es dejado atrás. En este trabajo se propone un sistema de CADx que cuantifica la similitud bilateral de las rodillas de los pacientes, con el fin de correlacionar el grado de asimetría con el dolor. Inicialmente, las imágenes de las rodillas fueron alineadas usando el algoritmo B-spline para su registro, después, un conjunto de métricas estándar fue cuantificado; finalmente, con estas métricas se propone un modelo multivariado para predecir el dolor de rodilla desarrollado en 48 meses. La metodología fue validada con 131 pacientes obtenidos de la base de datos de la Osteoarthritis Initiative (OAI). Los resultados sugieren que las métricas pueden ser asociadas con los puntajes de KellgrenLawrence; además, los modelos predicen significativamente el dolor crónico de rodilla con: AUC 0.756, 0.704 y 0.7113, al inicio, un año y dos años después, respectivamente. <![CDATA[Prototipo de Silla de Ruedas Dirigida Usando Parpadeos]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100002&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen El presente trabajo describe un prototipo de una silla de ruedas que es dirigido hacia enfrente y hacia atrás usando 2 o 3 parpadeos, respectivamente, y es detenido cuando se alcanzan ciertos niveles de atención. El objetivo principal es que las personas que tienen discapacidad motora en sus extremidades puedan usarlo para desplazarse y les brinde autonomía. Para captar la señal de los parpadeos, se utilizó la diadema MindWave Mobile de Neurosky. Se implementó un circuito electrónico en conjunto con Arduino que permite complementar la ejecución del accionamiento del prototipo. El prototipo se probó con 10 personas cuyas edades oscilan entre 20 y 35 años. Los resultados muestran que, en un 80% de los casos, el prototipo se mueve correctamente. La gran ventaja del presente trabajo es que la interfaz cerebro-computadora con la que cuenta este prototipo no requiere entrenamiento previo del sistema, por lo cual, puede ser usado por cualquier persona. Además, su costo es más accesible comparado con otros dispositivos para el mismo fin.<hr/>Abstract The present work describes a prototype of a wheel chair directed by means of eye blinks, which can be moved forwards, and backwards using 2 or 3 eye blinks, respectively, and stopped when a certain attention level is met. The main objective of this work is to help people, who have motor disabilities on their arms and legs, move and have autonomy. In order to register the eye blinking signals, the MindWave Mobile device from Neurosky was used. Moreover, an electronic circuit in combination with Arduino has been used to make the prototype work. This prototype has been tested in 10 healthy people from 20 to 35 years old. According to the results, in 80% of the cases the prototype worked correctly. The main advantage of the present work is that the brain-computer interface, which is part of the prototype, does not require training, and hence, it could be used by most of the people. Moreover, its cost is less than similar devices. <![CDATA[Reducción del Riesgo en Equipos Biomédicos y en Instalaciones Eléctricas de Entornos Clínicos]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100003&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen Se analizan 112 auditorías de instalaciones eléctricas y seguridad de equipos biomédicos en 78 Institutos de Medicina Altamente Especializada (IMAE) del Uruguay, realizadas a lo largo de 14 años, clasificando el nivel de riesgo y de cumplimiento de normas desde el punto de vista de Ingeniería Clínica. Cada visita incluye una encuesta al personal encargado de mantener y gestionar la infraestructura eléctrica y el equipamiento biomédico, que abarca el estado de mantenimiento, el control y la documentación de las instalaciones eléctricas y del equipamiento biomédico. Se evalúa el riesgo con un puntaje de 0 a 4. En 2004-2007 el 74% de los IMAE tenía irregularidades en la instalación eléctrica, gestión de equipamiento, control de calidad o documentación. Además, un 15% de los que tenían problemas, tenía en particular equipamiento indicado como “equipo peligroso”. En los períodos siguientes esta proporción baja paulatinamente hasta 0% en 2016-2017. No obstante, continúa existiendo un déficit en la gestión del equipamiento y en la documentación formal. El aporte de la Universidad en el seguimiento técnico de los IMAE se ha materializado en una mejora en materia de seguridad.<hr/>Abstract 112 field inspections to 78 high technology medical centers (IMAE is the Spanish acronym) over 14 years are analyzed. All visits were evaluated as to Clinical Engineering good practices and were assigned a risk level. All audits included a questionaire to maintenance management personnel on electrical network operation as well as on biomedical equipment follow-up and documentation from acquisition to disposal. Risk is assigned a level 0 to 4 at each visit. In 2004-2007, 74% of IMAEs had safety problems in one or more of electrical network, maintenance management or documentation, and 15% of the IMAEs with safety problems had one piece of equipment described as simply “dangerous”. Electrical safety problems were eventually reduced to 0% in 2016-2017, probably as a consequence of regular audit and counseling by this University Clinical Engineering Program. <![CDATA[ABPSE: Alineador de ADN Basado en Paralelismo a Nivel de Bit y la Estrategia Siembra y Extiende]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100004&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen La alineación de ADN es un proceso clave para la reconstrucción de genomas, a partir de los millones de lecturas cortas producidas por las máquinas de secuenciación paralela masiva. Tal proceso suele realizarse mediante algoritmos con elevada complejidad espacial y temporal, requiriendo varias horas para entregar los resultados, así como decenas de GB de RAM. Esto ha motivado la búsqueda de nuevos algoritmos y/o estrategias que permitan disminuir los tiempos de ejecución, mientras se utilizan recursos mínimos de memoria. En este artículo se presenta ABPSE, un nuevo alineador de ADN que combina el algoritmo de Ferragina y Manzini (o índices de FM) y el algoritmo de Myers, mediante la estrategia siembra y extiende. En la siembra, los índices de FM permiten calcular de manera rápida regiones con alta probabilidad de alineación; mientras que en la extensión, el algoritmo de Myers refina la alineación utilizando operaciones basadas en vectores de bits, calculando simultáneamente varias celdas de la matriz de programación dinámica. Los resultados muestran un 96.1% de lecturas alineadas correctamente, un factor de aceleración de 2.45x en relación a BWA-SW y un uso de memoria de apenas 7.6 GB, cuando se alinea el genoma humano completo.<hr/>Abstract DNA alignment is a key process in the assembly of genomes from the millions of short reads that are produced by massive parallel sequencing machines. Such a process is usually done by means of high spatial and temporal complexity algorithms, which takes hours to deliver the results as well as tens of GB of RAM. This has prompted the search for new algorithms and/or strategies that allow shorter runtimes, while using minimal memory footprint. In this article, we present ABPSE, a new DNA aligner that combines the Ferragina and Manzini algorithm (or FM indexes) and the Myers algorithm, by means of the seed and extend strategy. In the seeding, the FM indices allow a rapid calculation of the regions with high probability of alignment. In the extension, the Myers algorithm refines the alignment using operations based on bit vectors. It simultaneously calculates several cells of the dynamic programming matrix. The results show 96.1% of correctly aligned reads, an acceleration factor of 2.45x in relation to BWA-SW and a memory footprint of only 7.6 GB when aligning the entire human genome. <![CDATA[Preparación de un Adhesivo Sensible a la Presión (PSA) con la Incorporación de Nanopartículas de ZnO. Estudio de sus Propiedades Fisicoquímicas y Antimicrobianas]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100005&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen Se describe el proceso para obtener un adhesivo sensible a la presión (PSA). Este PSA está formado por un copolímero de acrilato de 2-etilhexil (2-EHA) / metacrilato de metilo (MMA) en una relación 80:20 que se polimerizó mediante una técnica de polimerización en emulsión. Se añadieron nanopartículas de óxido de zinc (NPZnO) a este copolímero, que se sintetizaron previamente y se modificaron superficialmente con 3-aminopropil-3-toxisilano (APTES) y dimetilsulfóxido (DMSO) para mejorar su dispersión en la matriz de copolímero. Los nanocompuestos obtenidos se caracterizaron por espectroscopía infrarroja (FTIR), calorimetría diferencial de barrido (DSC) y pruebas de adhesión al delaminado. Además, se determinó la actividad antimicrobiana contra S. aureus y S. pyogenes, así como la citotoxicidad en células humanas (HeLa). Los resultados demostraron que la adición de las nanopartículas de NPZnO al copolímero incrementa la temperatura de transición vítrea (Tg) así como las propiedades antimicrobianas del adhesivo mejorando a su vez su adhesión superficial. Con respecto al comportamiento adhesivo, el PSA con NPZnO sin modificar mostró una mayor resistencia al delaminado, esto quiere decir que las nanopartículas incrementan la fuerza cohesiva y proporcionan resistencia a temperaturas elevadas, lo cual sería beneficioso a su aplicación final. Finalmente, los resultados de citotoxicidad mostraron que la incorporación de NPZnO al PSA disminuye la viabilidad celular, sin embargo no se considera tóxico acorde a la norma ISO 10993 test for in vitro cytotoxicity.<hr/>Abstract The process for obtaining a pressure sensitive adhesive (PSA) is described. This PSA is formed by an acrylate copolymer of 2-ethylhexyl (2-EHA) / methyl methacrylate (MMA) in an 80:20 ratio which was polymerized by emulsion polymerization technique. Zinc oxide nanoparticles (NPZnO) were added to this copolymer, which were previously synthesized, and surface modified with 3-aminopropyltretoxysilane (APTES) and dimethyl sulfoxide (DMSO) to improve its dispersion in the copolymer matrix. The obtained nanocomposites were characterized by infrared spectroscopy (FTIR), differential scanning calorimetry (DSC) and T-peel adhesion tests. In addition, the antimicrobial activity against S. aureus and S. pyogenes as well as the cytotoxicity in human cells (HeLa) were determined. The results demonstrated that the ZnO nanoparticles incorporation enhanced the glass transition temperature (Tg) and the antimicrobial activity of PSA copolymer as well as its surface adhesion. It was confirmed that NPZnO modification with APTES increased its antimicrobial activity. Regarding adhesive behavior, PSA with unmodified NPZnO showed a greater peel resistance. This indicates that these nanoparticles enhances the cohesive force and induces a better high temperature performance, which is beneficial for the final application. Finally, cytotoxicity results showed that the incorporation of NPZnO to PSA decreases the cell viability, however this PSA is not toxic according to the standard ISO 10993 test for in vitro cytotoxicity. <![CDATA[Más Allá de La Filogenética: Evolución Darwiniana de La Actina]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100006&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen La actina es una proteína que se polimeriza para formar citoesqueletos y cuya función es estabilizar y dirigir el movimiento de las paredes celulares. Es una de las proteínas más estables, habiendo evolucionado poco a partir de algas y levaduras, y muy poco desde los peces. Aquí analizamos la evolución de la actina usando las teorías modernas de las interacciones de conformación proteína-agua, y cómo estas han evolucionado para optimizar las funciones de la proteína. Llegamos a la conclusión de que el fracaso del análisis filogenético para identificar positivamente la evolución darwiniana de las proteínas ha sido causado por las limitaciones técnicas propias del siglo XX. Estas limitaciones pueden ser superadas mediante el escalamiento termodinámico y el promedio modular ambos llevados a niveles técnicos del siglo XXI. Los resultados para la actina son especialmente llamativos y reflejan estructuras duales estables, globulares y polimerizadas.<hr/>Abstract Actin polymerizes to form cytoskeletons which stabilize and direct motion of cellular walls. It is one of the most stable proteins, having evolved little from algae and yeast, and very little from fish. Here we analyze actin evolution using modern theories of water-protein shaping interactions, and how these have evolved to optimize protein functions. We conclude that the failure of phylogenetic analysis to identify positive Darwinian evolution has been caused by 20th century technical limitations. These are overcome using 21st century thermodynamic scaling and modular averaging. The results for actin are especially striking, and reflect dual stable structures, globular and polymerized. <![CDATA[Herramienta de procesamiento de señales para la selección de “Core-Collection” desde colección de recursos genéticos]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100007&lng=es&nrm=iso&tlng=es Abstract Selecting a representative core collection (CC) is a proven and effective strategy for overcoming the expenses and difficulties of managing genetic resources in gene banks around the globe. Because of the diverse applications available for these sub-collections, several algorithms have been successfully implemented to construct them based on genotypic, phenotypic, passport or geographic data (either by individual datasets or by consensus). However, to the best of our knowledge, no single comprehensive datasets has been properly explored to date. Thus, researchers evaluate multiple datasets in order to construct representative CCs; this can be quite difficult, but one feasible solution for such an evaluation is to manage all available data as one discrete signal, which allows signal processing tools (SPTs) to be implemented during data analysis. In this research, we present a proof- of-concept study that shows the possibility of mapping to a discrete signal any type of data available from genetic resource collections in order to take advantage of SPTs for the construction of CCs that adequately represent the diversity of two crops. This method is referred to as ‘SPT selection.’ All available information for each element of the tested collections was analysed under this perspective and compared when possible, with one of the most used algorithms for CC selection. Genotype-only SPT selection did not prove as effective as standard CC selection did not prove as effective as standard CC selection algorithms; however, the SPT approach can consider genotype alongside other types of information, which results in well-represented Ccs that consider both the genotype and agromorphological diversities present in original collections. Furthermore, SPT-based analysis can evaluate all available data both in a comprehensive manner and under different perspective, and despite its limitations, the analysis renders satisfactory results. Thus, SPT-based algorithms for CC selection can be valuable in the field of genetic resources research, management and exploitation.<hr/>Resumen La selección de una colección núcleo (core-collection) representativa (CC) es una estrategia comprobada y eficaz para superar los gastos y las dificultades de la gestión de los recursos genéticos en los bancos de germoplasma de todo el mundo. Debido a las diversas aplicaciones disponibles para estas subcolecciones, se han implementado con éxito varios algoritmos para construirlos en base a datos genotípicos, fenotípicos, de pasaporte o geográficos (ya sea por conjuntos de datos individuales o por consenso). Sin embargo, hasta donde tenemos conocimiento, no se han explorado adecuadamente conjuntos de datos integrales hasta la fecha. Por lo tanto, los investigadores evalúan conjuntos de datos múltiples para construir CCs representativos; esto puede ser bastante difícil, pero una solución factible para tal evaluación es administrar todos los datos disponibles como una señal discreta, que permite implementar herramientas de procesamiento de señal (SPT) durante el análisis de datos. En esta investigación, presentamos un estudio de prueba de concepto que muestra la posibilidad de asignar a una señal discreta cualquier tipo de datos disponibles de colecciones de recursos genéticos para aprovechar los SPT para la construcción de CC que representen adecuadamente la diversidad de dos cultivos. Este método se conoce como "selección de SPT." Toda la información disponible para cada elemento de las colecciones analizadas se analizó bajo esta perspectiva y se comparó cuando fue posible, con uno de los algoritmos más utilizados para la selección de CC. La selección de SPT de solo genotipo no resultó tan efectiva como los algoritmos de selección de CC estándar; sin embargo, el enfoque SPT puede considerar el genotipo junto con otros tipos de información, lo que da como resultado CCs bien representados que consideran tanto el genotipo como las diversidades agromorfológicas presentes en las colecciones originales. Además, el análisis basado en SPT puede evaluar todos los datos disponibles, tanto de manera integral y bajo diferentes perspectivas, y a pesar de sus limitaciones, el análisis arroja resultados satisfactorios. Por lo tanto, los algoritmos basados en SPT para la selección de CC pueden ser valiosos en el campo de la investigación, gestión y explotación de recursos genéticos. <![CDATA[Modelado Matemático de la Detección de Quórum en <em>Vibrio harveyi</em>]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100008&lng=es&nrm=iso&tlng=es Abstract One of the most used bacteria in the Quorum Sensing (QS) experimental works is the Vibrio harveyi, which is used as reporter bacteria to detect the Autoinducers-2 (AI-2) activity of other bacteria. Nevertheless, the description of its QS mechanism by the mathematical modeling is an approach still unexploited. For biological systems, it is necessary to consider the high variability of the experimental data, thus identifiability and parametric reliability analyses must be performed before a model could be used. The following work describes a methodology for parameter fitting and parametric identifiability analysis in a model that describes the dynamics of AI-2 in V. harveyi bacteria. Identifiability analyses showed that all parameters are identifiable, but parametric dependency analyses showed two linearly dependent parameters. According to our results, the model is adequate to describe the AI-2 dynamics in V. harveyi.<hr/>Resumen Una de las bacterias más utilizadas en los trabajos experimentales de detección de quorum (QS) es la Vibrio harveyi, que se utiliza como bacteria reportera para detectar la actividad de Autoinductores-2 (AI-2) de otras bacterias. Sin embargo, la descripción de su mecanismo de QS por medio del modelado matemático es un enfoque aún no explotado. En el caso de los sistemas biológicos, es necesario considerar la alta variabilidad de los datos experimentales, por lo que deben realizarse análisis de identificabilidad y fiabilidad paramétrica antes de que un modelo pueda ser usado. El siguiente trabajo describe una metodología para el ajuste de parámetros y el análisis de la identificabilidad paramétrica en un modelo que describe la dinámica de la AI-2 en las bacterias V. harveyi. Los análisis de identificabilidad mostraron que todos los parámetros son identificables, pero los análisis de dependencia paramétrica mostraron dos parámetros linealmente dependientes. De acuerdo con los resultados, el modelo es adecuado para describir la dinámica AI-2 en V. harveyi. <![CDATA[Breve Descripción de la Biología Sintética y la Importancia de su Relación con otras Disciplinas]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100009&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen La biología sintética (SynBio) es una disciplina de reciente aparición que sirve para diseñar o re-diseñar sistemas biológicos y otorgarles cualidades mejoradas o nuevas cualidades. En la SynBio el diseño de nuevos sistemas biológicos requiere de herramientas moleculares muy precisas, tales como: a) la bioinformática, b) la secuenciación NGS (Next Generation Sequencing), el ensamble y/o síntesis de ADN c) y la edición de genomas a través de CRISPR-Cas9. En la SynBio encontramos además otras disciplinas con un perfil más hacia el ámbito social, las cuales tocan aspectos éticos, legales, filosóficos y económicos, considerándose así una multidisciplina. La SynBio está propiciando el desarrollo de nuevas tecnologías (emergentes) partiendo de una óptica ingenieril. En la SynBio, al ADN se le entiende de forma práctica y abstracta como una serie de partes que se pueden ensamblar en cierto orden para obtener los productos deseados una vez que se conoce la funcionalidad de cada parte. La SynBio ha dado pie a una nueva concepción de la economía a nivel mundial y por consecuencia se ha tomado muy seriamente el termino Bioeconomía como una nueva disciplina que transformará a las sociedades.<hr/>Abstract Synthetic biology (SynBio) it is considered a very recent discipline. View as a tool serves to design or re-design biological systems, giving them improved qualities or new qualities. In the SynBio, the design of new biological systems requires very precise molecular tools, such as: a) bioinformatics, b) sequencing NGS (Next Generation Sequencing), assembly and synthesis of DNA c) and CRISPR- Cas9 genome editing. Within the SynBio there are other social profile disciplines which concerned to ethical, legal, philosophical, and economic, and for that reason it is considered a multidiscipline. The SynBio is promoting the development of new (emerging) technologies based on an engineering perspective. In SynBio, DNA is understood in a practical and abstract way as a series of parts that can be assembled in a certain order to obtain the desired products once the functionality of each part is known. The SynBio has given rise to a new conception of the economy worldwide and consequently the term Bioeconomy is already taken very seriously as a new discipline that will transform societies. <![CDATA[Microscopio como Lector de Absorbancia con Utilidad en Análisis Clínicos]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100010&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen La descentralización de laboratorios clínicos, se encuentra en desarrollo, lo anterior ha llevado a diseñar instrumentos que ofrecen resultados rápidos, confiables y al lado del paciente, esta tendencia se le conoce como prueba en el punto de atención (point of core testing POCT) y brinda la posibilidad de dar un seguimiento inmediato al padecimiento. El objetivo de esta investigación fue la implementación de un medidor de absorbancia, empleando la estructura de un microscopio óptico, al cual se le ha adaptado un filtro de luz, y una cámara digital. Lo anterior permite obtener valores de intensidad promedio de imágenes sólidas microscópicas de reacciones enzimáticas, y a partir de ellas estimar absorbancia o concentración. Como resultados se presentan rectas de calibración de absorbancia y mediciones de concentraciones para los casos de violeta de genciana, un kit de glucosa oxidasa y muestras problemas de pacientes voluntarios. Concluimos que existe un error de medición menor de ±1mg/dL comparados con las mediciones de un lector de placas de Elisa y un analizador de química sanguínea semiautomatizado. Teniendo en cuenta lo anterior el sistema resulta ser una alternativa viable para la estimación de absorbancia y aumenta la funcionalidad de microscopios ópticos en clínicas de salud.<hr/>Abstract The decentralization of clinical laboratories is under development, which has led to the design of instruments that offer fast, reliable and patient-side results, this trend is known as point of core testing (POCT) and It offers the possibility of giving an immediate follow-up to the disease. The objective of this investigation was the implementation of an absorbance meter, using the structure of an optical microscope, to which a light filter and a digital camera have been adapted. This allows to obtain values of average intensity of solid images of enzymatic reactions, and from them to estimate absorbance or concentration. As results, we present absorbance calibration lines and concentration measurements for cases of gentian violet, a glucose oxidase kit and samples of volunteer patients. We conclude that there is a measurement error of less than ± 1mg / dl compared with the measurements of an Elisa plate reader and a semi-automated blood chemistry analyzer. Taking into account the above, the system turns out to be a viable alternative for estimating absorbance and increasing the functionality of optical microscopes in health clinics. <![CDATA[Análisis de biología de códigos de las regiones reguladoras en líneas celulares]]> http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0188-95322019000100011&lng=es&nrm=iso&tlng=es Abstract Coding sequences are widely studied for their relevance in protein synthesis. However, higher organism genomes, such as human genomes, has a small amount of them, and a larger proportion of non-coding sequences. ENCODE and Epigenomic Roadmap projects discovered that regulatory functions are carried out in the non-coding regions of the human genome. These regulatory functions are part of the regulatory machinery that yields different gene expression profiles, thus, different cell lines. Whereas different environmental elements, i. e. histone modifications, DNA methylation, and other epigenomic phenomena, determine the regulatory function of genome part, the sequences’ composition where these functions take place could also influence regulatory machinery. In this work, we explore the non-coding regulatory sequences and lexica build with subsequences between 3 and 16 nucleotides to evaluate the difference between the sequence composition of the regulatory regions in the cell lines. Our results show that the lexica corresponding to the regulatory regions are different based on their complexity/degeneracy, moreover, the lexica of regulatory regions in different cell lines are also different. These features suggest that non-coding sequences are an active element of the regulatory machinery and the histone code that are involved in cell differentiation.<hr/>Resumen Las secuencias codificantes han sido ampliamente estudiadas por su relevancia en la síntesis de proteínas. Sin embargo, los genomas de organismos complejos, como el humano, tiene una porción menor de estas secuencias y una mayor proporción de secuencias no codificantes. Los proyectos del ENCODE y Epigenomic Roadmap describieron que las funciones reguladoras se llevan acabo en las regiones no codificantes del genoma humano. Estas funciones reguladoras son parte de la maquinaria reguladora que produce diferentes perfiles de expresión genética, por tanto, diferentes líneas celulares. Mientras diferentes elementos del entorno, como las modificaciones en las histonas, metilación del ADN y otros fenómenos epigenéticos, determinan la función reguladora que tienen una porción del genoma, la composición de la secuencia donde estas funciones son llevadas a cabo también podrían influir en la maquinaria reguladora. En este trabajo, se exploraron las secuencias de las regiones no codificantes y los léxicos generados con las subsecuencias entre 3 y 16 nucleótidos, para evaluar las diferencias entre la composición de las secuencias de las regiones reguladoras en las líneas celulares. Los resultados muestran que los léxicos correspondientes a las regiones reguladoras son diferentes con base en su complejidad/degeneración, así mismo, los léxicos de las regiones reguladoras en distintas líneas celulares son también distintos. Estos detalles sugieren que las secuencias no codificantes son elemento activo de la maquinaria reguladora y del código histónico que participan en la diferenciación celular.